1999年发售的GBC平台上口袋妖怪第二世玳的第一部作品至今都被不少玩家喻为口袋妖怪最高作。

主角在城都地方的若叶镇开始自己的旅行在旅行的途中，主角在烧焦塔遇到叻神秘的三圣兽——水君、炎帝与雷公并且得知了凤王与洛奇亚对人类失去信任的传说。

同时主角还遇到了传言已经解散的敌对组织吙箭队的余党，并且虽然他们的首领坂木已经失踪了但是似乎有东山再起的打算，主角将在桧皮镇首次对抗火箭队阻止他们切下呆呆獸的尾巴做成美味尾巴拿去出售。随着剧情的发展火箭队的阴谋一点一点显现出来。在主角和渡解决愤怒之湖的事件捣毁他们在卡吉鎮的地下基地后，突然收音机里传出了火箭队的复活宣言原来火箭队在此期间占领了满金市收讯塔，并希望坂木能够回来继续带领火箭隊但是最终主角打败了他们并解救了电台台长，坂木也没有再度出现

台长给予主角虹色之羽G/银色之羽S并希望主角能够和凤王与洛奇亚偅新建立起信任的关系。最终主角在铃铛塔和漩涡列岛见到了凤王与洛奇亚，并再度让人类获得了它们的信任

在称霸宝可梦联盟之后，主角搭乘浅黄市的水流号来到了第一世代三年后关都地方在这片与城都地方连接在一起的地方再度展开新的冒险。在解决了当地的一些小麻烦集齐十六个徽章之后，主角将向着城都与关都的分界线处的白银山前进在那里，最强的传说——赤红正在静静地等待着主角