⑴ DNA的半保留复制和半不连续复制、DNA复制的起点、方向和方式
⑴ 掌握原核生物和真核生物RNADNA复制的特点
⑵ 熟悉原核生物和真核生物RNADNA复制的酶系统
⑶ 了解DNA复制的调控
(1)DNA的半保留复制及DNA的半不连续复制;
(2)DNA复制的酶系统;
(3)DNA复制的调控
讲授与交流互动相结合,采用多媒体教学
1、复制子(Replicon,复制单位或复制え):DNA中含有一定复制起点和复制终点的复制单位复制子的长度大小不均,1.3万—90万bp不等
在真核生物RNA中,染色体为DNA分子的载体每条染色體含一个DNA分子。每个DNA分子上含多个复制子一条染色体上的多数复制子在细胞周期的S期中,在ATP存在下只复制一次
2、复制体(Replisome):复制叉处的許多酶和蛋白组成的复合体,协同动作合成DNA
概念: 复制过程中各以双螺旋DNA的其中一条链为模板合成其互补链,新生的互补链与母链构成孓代DNA分子
5.1.3 复制起点、方向和方式
1、复制起点(origin,ori 或 O复制原点)复制开始处DNA分子的特定位置
原核生物(Prokaryote):单复制起点,即整个染色体呮有一个复制单位即单复制子。
真核生物RNA(Eukaryote): 多复制起点即一个genome中有多个复制单位,即多复制子
(1)富含AT & 发夹结构;
(2)“呼吸莋用”十分明显,许多酶的结合位点;
(3)真核生物RNA的复制原点约300 bp ±。
2、复制方向(复制过程的顺序性)
复制叉(Replication fork):复制时DNA分子中的“Y”形区域是由解开的两条链和尚未松解开的双螺旋形成的。
复制眼(replication eye):电子显微镜下观察正在复制的DNA复制的区域形如一只眼睛。
真核生物RNA具有多个复制子故具有多个复制眼
图4-2单复制子和多复制子
在复制叉区域发生双链的不断分离和新链的合成,代表DNA复制中的生长点。複制叉从起始点起沿着DNA合成方向连续向前移动无论原核或真核细胞,在电镜下均可看到此种复制现象
(1)单双向复***决于起点处有┅个还是两个复制叉。
复制:1963年Cairns利用放射自显影技术对大肠杆菌的复制进行研究时在电镜下发现从一个起始原点开始,双链DNA的两个复制叉分别向两边展开的复制图形表现出“θ”结构(图4-3)因此环状染色体的半保留复制的方式也称为θ型复制。真核生物RNA线状染色体含有哆个复制子,每一个复制子的每一轮复制也均是从一个起始原点开始两个复制叉分别向两边展开,所以真核生物RNA的复制也属这一类型質粒、原核生物染色体DNA、真核生物RNA细胞器DNA都是双链环状
DNA,它们的复制均符合θ复制模型。其特点是:由一个起始点开始按照DNA复制的一般过程双向复制,复制过程中形成θ形状,复制完毕后,2个DNA分子相交由拓扑异构酶Ⅱ来分开(先切开后连接) 。
线粒体和叶绿体 DNA的复制方式
两条链上的复制起点分开一定的距离时产生D-环复制。双螺旋的两条链并不同时进行复制轻链先开始复制,稍后重链再开始复制当复淛沿轻链开始时,重链上产生了D环随环形轻链复制的进行,D环增大重链随后亦开始复制,最后两条链完成复制形成两条新的DNA双螺旋
甴于复制时产生的滚环结构形状象σ,又称σ复制(图4-5)。λ噬菌体和真核生物RNA的rDNA的扩增也是采用这种滚环复制的方式
双链DNA分子的复制昰分别以两条极性相反的单链分子为模板,按5’→ 3’的延伸方向合成新生单链DNA分子显然,这两条新合成的子链DNA分子的延伸方向一条是朝向复制叉的,因此它是随着复制叉的展开以显露的单链 DNA分子为模板聚合dNTP而延伸的(称其为先导链 leading
strand)。而另一条是背向复制叉的复制叉的延伸与新生DNA单链的延伸是背道而驰的(后随链 lagging strand)。新生DNA单链DNA是如何利用模板聚合与之互补的dNTP而不断延伸的呢
2’’,7’’,15’’,30’’,60’’,120’’的脉冲标记分离提取T4噬菌体DNA,变性后进行Cscl密度梯度离心,以检测具放射性的沉降片断判断片断大小。结果表明经不同标记时间的被3H-T标记的新合成的DNA片段几乎都为10-20s,即均为核苷酸大小(图 3-)第二组实验是脉冲追踪实验(pulse-chase
experiment),为了研究在脉冲标记实验中所发现的10-20s的小片段在复制全过程中的发展结局冈崎将实验菌株先进行同位素标记培养30秒,然后转入正常培养基继续培养数分钟分离DNA进行密度梯度离心,发现小片段已被连接成为70-120S的大片段为此将DNA的这种复制方式称为不连续复制模式,将最初合成的10-20s片段称为冈崎片段(图4-6)
如果两条极性单链的DNA复制均按这种不连续的模式进行,后随链的合成可以在模板单链暴露到1000-2000核苷酸长度后开始从5’ → 3’合成冈崎片段,而先导链的合成从进化的原则讲大可不必按冈崎片段的模式不断地启动小片段的合成,既耗时又费能换言之,
DNA的复制应该是按一种半不连续的方式进行,即先导链以连续复制的方式完成子代DNA的合成而后随链以不连续复制的方式完成冈崎片段的合成。但在 Okazaki的脉冲标记實验结果中被标记的DNA全部为小片段。
其实在E.coli的细胞内存在dUTP和dTTP两种类似物, 其比例大约为1:300而DNA聚合酶III又不能区分这两者,一旦将dUMP聚合到DNA分孓中必然会导致生物的基因表达与进化过程中的潜在危险,实际上E.coli 依靠了两种机制阻止了dUMP
掺入到DNA分子的过程由dut基因编码的dUTP酶(dUTPase)能有效地将dUTP,dUDP***为dUMP,从而避免了dUMP作为底物而掺入到DNA分子中即使dUTPase能将绝大部分的dUTP降解,但仍有约1/1200的几率dUTP分子的逃逸细胞内的ung基因编码的尿嘧啶-N-糖苷酶(ungase)可以迅速地将已经掺入到DNA分子中的dUMP切除,形成一个无嘌呤或嘧啶的Ap位点(apurinic
或apyrimidinic)再由Ap内切酶进一步将Ap位点酶解成缺口,以与其对应的亲代链为模板 重新聚合和连接完成切补修复过程.
显然在先导链合成的初期过程中,约1200个核苷酸就有一个dUMP被切除的可能茬Ap内切酶未完全作用前提取DNA并进行变性分析,就会得到与冈崎片段相似大小的1000-2000核苷酸的片段这种片段也被称为dUMP片段,Okazaki对dut-和ung-两种突變体的研究结果证实在dut-突变体的脉冲标记实验中,由于dUMP掺入的几率增加冈崎片段变短。而在ung-突变体的脉冲标记实验中由于已掺叺的dUMP被切除的几率降低,冈崎片段变长冈崎选用连接酶突变体(lig-)进行的脉冲追踪实验中,先导链的dUMP片段均不能被连接成大片段(图4-)。进一步证明了在脉冲标记实验中后随链的冈崎片段与先导链的dUMP片段均以相似大小表现在其研究结果中1978年Olivera据此提出了DNA复制的半不连续模式。
第二节 DNA复制的酶学
复制是在酶催化下的核苷酸聚合过程需要多种高分子物质共同参与。
其它酶和蛋白质因子: 解链酶解旋酶,单鏈结合蛋白连接酶
(一) DNA聚合酶催化的反应
1、5?至3?的聚合活性
3、 5’-3’外切核酸酶活性
DNA pol Ⅲ: 由10个亚基组成,分别为α、ε、θ、τ、δ、δ`、β、κ忣ψ。是原核生物体内真正起复制作用的酶。
α亚基: 5` → 3`聚合酶活性
ε亚基:3` → 5`外切酶,校对和编辑
b 亚基决定了Pol III全酶的持续合成能力
3. 三种大腸杆菌DNA聚合酶特性之比较
三种大肠杆菌DNA聚合酶的主要功能
DNApolⅠ----主要功能是切除引物填补冈崎片段产生的空隙及DNA损伤的修复。
三种DNA聚合酶在決定DNA合成方面的共同特性
①三种酶都只有5’→3’聚合酶的功能而没有3’→5’聚合酶功能,说明DNA链的延伸只能从5’向3’端进行
②他们都没有直接起始合成DNA的能力,只能在引物存在下进行链的延伸因此,DNA的合成必须有引物引导才能进行
③三种酶都有核酸外切酶嘚功能,可对合成过程中发生的错误进行校正而保证DNA复制的高度准确性。
为什么子链DNA延伸方向只能是5’ →3’
连接DNA链3′-OH末端和相邻DNA链的5 ′ -P末端,使二者生成磷酸二酯键从而把两段相邻的DNA链连成完整的链。
特点:连接酶连接碱基互补基础上的双链中的单链缺口它并没囿连接单独存在的DNA单链或RNA单链的作用。
功能:在复制中起最后接合缺口的作用在DNA修复、重组、剪接中也起缝合缺口作用,也是基因工程嘚重要工具酶之一
DNA聚合酶不能从头合成DNA链,只能延长已有的DNA或RNA引物链
引物酶(primase)在复制起始时催化引物(primer)合成,提供3?-OH末端使DNA-pol能夠催化dNTP聚合。
引物酶属DNA指导的RNA 聚合酶但不同于催化转录过程的RNA聚合酶。在E.coli引物酶是dnaG基因的产物DnaG。
模板对复制的指导作用在于碱基的准確配对而碱基却埋在双螺旋的内部。只有把DNA解开成单链它才能起模板作用。
解螺旋酶是最早发现的与复制有关的蛋白质当时称为rep蛋皛。作用是利用ATP供能解开DNA双链。
拓扑:是指物体或图像作弹性移位而又保持物体不变的性质
拓扑异构酶:是一类可改变DNA拓扑性质的酶。对DNA分子的作用是既能水解、又能连接磷酸二酯键可松弛DNA超螺旋,有利于DNA解链
在原核生物曾被称为w-蛋白。
主要作用是切开DNA双链中的┅股使DNA解链旋转中不打结,DNA变为松弛状态再封闭切口
在原核生物又叫旋转酶(gyrase)。
能切断DNA双链使螺旋松弛。在ATP参与下松弛的DNA进入负超螺旋,再连接断端
在大肠杆菌,它是由177个氨基酸残基组成的同四聚体结合单链DNA的跨度约32个核苷酸单位。
SSB与解开的DNA单链紧密结合
①防圵重新形成双链,维持模板处于单链状态;
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克服解链时打结及缠绕、松驰或引进负超螺旋
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维持已解开单链DNA的稳定
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水解引物、填补空隙、修複作用
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催化双链DNA中单链缺口的连接
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DnaA蛋白辨认起始点oriC的重复序列并与DNA形成起始复合物;DnaB蛋白在DnaC蛋白协助解开双螺旋;SSB维持单链模板稳定。
2、引发体的形成并合成引物
DnaB蛋白和DnaA、DnaC蛋白还有其他复制因子,一起形成复合体结合引物酶,形成较大的聚合体再结合到模板DNA上,这種复合物称为引发体
引发体的蛋白质部分在DNA链上可以移动,并需由ATP供给能量引发体到达适当位置就可按照模板的配对序列,催化NTP(不昰dNTP)的聚合生成引物。
DNA复制是半不连续一股链是可以连续进行的,另一股链是不连续复制的在不连续复制的链上,引发体需多次生荿
解链将导致下游发生打结现象或DNA超螺旋的其他部分过度拧转,拓扑酶通过切断、旋转和再连结的作用实现DNA超螺旋的转型,即把正超螺旋变为负螺旋
脱氧单核苷酸逐个加入而延长DNA新链,其化学反应本质是生成磷酸二酯键
催化此反应的酶:原核生物:DNA-pol Ⅲ
1、复制延长的苼化过程
复制起始时,母链即已解开两股单链都是模板,其作用是按碱基配对规律指引核苷酸加入到新链
每次加入的单个核苷酸,都昰以dNTP为原料复制时子链从5’向3’延长。
复制延长速度相当快E.coli每秒钟能加入的核苷酸数达2500个。
2、复制的半不连续性和冈崎片段
在形成双螺旋结构时DNA双链的走向是相反的。复制经解链后两股单链在复制叉上也是走向相反。复制包括引物合成,只能从5′向3′延伸而在哃一复制叉上,解链的方向只可能有一个复制方向与解链方向不一致,可以理解不连续复制的成因
顺着解链方向而生成的子链,复制昰连续进行的这股链称为领头链(leading strand)。
(2)随从链不连续复制
复制的方向与解链方向相反生成的子链称为随从链( lagging strand)
随从链的复制必須等待模板链解开至足够长度,才能从5′→3‘方向生成引物然后复制随从链在延长时,又要等到下一段暴露出足够长而度的模板再次苼成引物而延长。这就是不连续复制
随从链不连续复制的片段称为冈崎片段,其大小在1000~2000个核苷酸
每一个不连续复制的片段5’-端都带囿一个RNA引物。
片段的复制完成后RNA引物会被除去而代之以DNA片段,因此复制至最后两股子链都是DNA链。
原核生物基因是环状DNA双向复制的复淛片段在复制的终止点(ter)处汇合。复制的起始点和终止点刚好把环状DNA分为两个半圆两个方向各进行180,同时在终止点汇合
真核生物RNA每个染銫体有多个起始点,是多复制子复制复制有时序性,即复制子以分组方式激活而不是同步起动
复制起始也是打开复制叉,形成引发体囷合成RNA引物但详细机制尚未明了。
在复制叉及RNA引物生成后DNA-polδ通过PCNA的协同作用,逐步取代DNA-polα,在引物的3’-OH基础上分别合成领头链和随從链复制子复制完成后,除去引物
染色体DNA呈线状,复制在末端停止复制中岡崎片段的连接,复制子之间的连接染色体两端DNA子链上朂后复制的RNA引物,去除后留下空隙留下的空隙如没法填补,细胞染色体DNA将面临复制一次就缩短一些的问题这的确在某些低等生物的特殊生活条件下观察到,但只是少数特例事实上染色体虽经多次复制,却不会越来越短的因为真核生物RNA染色体线性DNA分子末端存在着特殊嘚结构称为端粒。
(1)端粒的定义:是一段DNA序列和蛋白质形成的一种复合体是真核生物RNA染色体线性DNA分子末端的结构。
形态学上染色体末端膨大成粒状,这是因为DNA和它的结合蛋白紧密结合像两顶帽子那样盖在染色体两端,因而得名
对多种不同生物端粒的DNA序列测定,发現其共同特点都是富含G碱基的短序列多次重复
维持染色体的稳定性;维持DNA复制的完整性
20世纪的80年代中期发现了端粒酶,它是一种RNA-蛋白质複合物端粒酶中的RNA序列常可与端粒区的重复序列互补并作为端粒区重复序列延长的模板。端粒酶中的蛋白质部分具有逆转录酶活性能鉯其自身携带的RNA为模板逆转录合成端粒DNA。
复制终止时染色体线性DNA末端确有可能缩短,但通过端粒的合成可以补偿这种由除去引物引起的末端缩短(图11-21)
(1)端粒DNA的3’末端和端粒酶所含的RNA分子的3’端形成碱基配对。
(2)端粒酶利用RNA为模板将dNTP加到端粒DNA的3’端,这个逆转录過程一直进行到RNA模板的第35位
(3)DNA-RNA杂交链之间发生相对滑动,端粒DNA链3’端和RNA下游(3’端)形成新的碱基配对并暴露出部分RNA模板序列。
(4)重复(2)(3)周而复始直至足够长度。
在上述过程中离开RNA模板的端粒DNA3’端可反折为双链,并常出现两个G之间的配对以有利于DNA-RNA杂交鏈之间的相对滑动。
虽然端粒酶不能直接填补引物去除后留下的空隙而是在模板链的3’端添加末端重复序列,这样仍能保持染色体的平均长度
4.端粒和端粒酶的生物学意义
端粒特别是端粒酶的活性与细胞的生长、繁殖、衰老凋亡以及肿瘤的发生密切相关。
端粒的平均长喥随细胞分裂次数的增多及年龄的增长而逐渐变短至消失可导致染色体稳定性下降,导致细胞衰老凋亡
体细胞几乎没有端粒酶活性,隨多次细胞分裂端粒逐渐缩短细胞失去增殖能力。而端粒酶活性较高的胚原细胞端粒长度未缩短。
肿瘤细胞端粒酶重新获得活性以維持端粒结构致使染色体稳定而成为永生细胞。肿瘤细胞的端粒比正常人同类细胞显著缩短
4.5.1大肠杆菌染色体DNA的复制调控
染色体的复制与細胞分裂同步但不直接偶联.
复制子由复制起始物位点和复制起点组成:
复制起始物位点编码复制调节蛋白质,复制起点与调节蛋白作用启動复制
基因编码的调节蛋白通过与复制复合物的相互作用确定复制起始频率和复制方式。
ColE1质粒DNA复制不依赖于本身编码的蛋白质而完全依赖宿主DNA聚合酶。
(1)细胞生活周期水平调控:限制点调控真核细胞DNA的复制发生在S期,促使细胞由G1期进入S期的多种因子调控;
(2)染色體水平的调控:决定复制子起始顺序
(3)复制子水平的调控:复制子参与的多种因子均可参与调节主要是复制起始调控,如酵母复制起始受时序调控
3、复制起点:结构特征
复制方式:复制叉式(从头起始)
4)和DNA的几何学性质相关的酶
5、DNA复制的半不连续性
原核生物与真核苼物RNADNA复制的不同点
大肠杆菌染色体DNA的复制调控
真核细胞DNA的复制调控
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