日本酒になる前の発酵中の状態「モロミ」といいます「酒母」「麹」「仕込水」「蒸米」 発酵タンクに仕込み、およそ20日から30日間かけて発酵させます。発酵タンクの中では、米のデンプンが麹の酵素により糖へと***され（糖化）、糖は酵母によりアルコールに変えられていきます（発酵）この並行複発酵と呼ぶ、糖化と発酵の2つの働きが同時に進行する方式とることが日本酒醸造の特徴です。
日本酒のモロミは、酵母大量に培養した酒母に、麹（こうじ）?水?蒸米それぞれ、初添（はつぞえ）、仲添（なかぞえ）、留添（とめぞえ）と、3日に分けて日追って仕込んでいきますこれ「三段仕込み」と呼びます。一度に仕込まず3回に分けるのは、徐々に量大きくすることで、酵母の濃度が薄まらないようにして発酵安全に進めるためです初添、仲添の間に１日間、踊（おどり）と呼ぶ休みとります。階段に踊り場があるように、1日休んでから仕込み続けることで酵母の増殖促します
仕込む米（麹米、モロミ仕込用の掛米）の量は、「初添：仲添：留添」で「1：2：3」や「1：2：4」の割合が多く、目的とする酒質によってもその比率は異なります。
清酒のモロミは、仕込んで1日ほど経過すると仕込水がすべて蒸米に吸収されてしまい、軟らかな固体状になります仕込み直後に固体状だったモロミは、発酵が進むにつれて液状化していきます。麹のはたらきで米のデンプンが少しずつ***され糖分に変わり、同時に酵母により糖分がアルコールに変えられます（並行複発酵）20日から30日間の発酵期間で、2割ほどの未***の酒粕残し、あとはすっかり液体の酒に変わってしまいます。
▲最も発酵が旺盛な高泡
清酒モロミのアルコール分は、発酵の終了時には20％にも達します醸造の段階で、他の酒類と比べ飛び抜けて高いアルコール分が生成されます（蒸留酒については蒸留前のモロミについて比較）。日本酒醸造に見られる「並行複発酵」「低温発酵」「高濃度仕込み」などの特性が、醸造だけで高濃度のアルコール生成する要因となっています
| 発酵終了時のアルコール分（蒸留酒は蒸留前） |
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酵母がアルコールつくるには、その約2倍量の糖分が必要になります。しかし、一度に全ての糖分が供給されても発酵はうまく進みません糖の濃度が高くなりすぎると、酵母が糖消費する効率が低下するからです。その点、清酒モロミの発酵過程では、麹の酵素（アミラーゼ）で米のデンプンが少しずつ小出しにブドウ糖へと***され（糖化）、そのブドウ糖酵母が利用しながらアルコールつくります(発酵)アルコール分が20％にも達するのは、こうした発酵のしくみによるもので、並行複発酵により、糖化と発酵が同時にバランスよく進むことが要因となっています。
日本酒は比較的低温の6～15度で醸造されます低温発酵によって、酵母へのアルコールの作用はゆるやかになります。モロミの発酵温度は酒類によって異なり、各酒類の発酵温度は、焼酎では25～30度、赤ワインは20～27度、白ワインは12～18度、ウイスキーは25～33度、日本のビール（下面発酵ビール）は6～10度、イギリスやドイツに見られる仩面発酵ビールは15～20度です また、米のタンパク質が発酵阻害する物質吸着したり、麹の脂質タンパク質（プロテオリピッド）が酵母のアルコール耐性強くしています。発酵の後期にはモロミ中のアルコール分が高まり、酵母にとって過酷な環境となりますが、これらの要因により、酵母ができるだけ後半まで発酵力維持することができます
仕込水の配合比率は酒の種類よって異なります。原料の穀類に対して、ビールは600パーセント、ウイスキーは500パーセントですが、日本酒は120パーセントと仕込みの濃度が高く、これもアルコール生産量が高い理由のひとつとなっています
清酒モロミの発酵の末期に、酒質調整する目的で「醸造アルコール」添加すること称して?アル添?といいます。醸造アルコールは、米などの穀類、さとうきびといった、デンプン質、糖質の原料用いて酵母で発酵させ、連続式蒸留機で蒸留したものに限られます化学的に合成した工業用アルコールは清酒の原料としては使鼡できません。
醸造アルコール添加することで、香りや味の成分が引き出され、淡麗で軽快、スッキリした味わいとなりますさらに、清酒腐敗させる火落菌（乳酸菌の一種）の増殖防止するという効果もあり、保存性も高まります。
吟醸酒、本醸造の製造に使用する醸造アルコールの量は、その特性が失われないよう、原料として使う白米重量の10％以下に制限されていますまた、ひとつの製造場で使用できるアルコールの総量にも制限があります。
清酒の副原料として用いる「醸造アルコール」は、糖質やデンプン質の原料醸造し蒸留されたアルコールです糖質の原料には、さとうきびから砂糖製造する工程で出る廃糖蜜のほか、精製糖蜜、甜菜（てんさい）糖蜜などがあります。デンプン質の原料には、米、甘藷（かんしょ）、とうもろこしなどがあり、麹または酵素剤使って糖化します麦芽やワイン由来のアルコールは清酒には使えません。
糖化した原料は、酵母によるアルコール発酵の後、連続式蒸留機で蒸留されます蒸留何度も繰り返し不純物除くので、限りなく純粋に近いアルコールが得られます。成分や香味の点で、米?糖蜜など原料の種類による差はありません
ちなみに、連続式蒸留しょうちゅうは、醸造アルコールと同様に、連続式蒸留機で何度も蒸留繰り返して製造されたものです。無色透明で香りやクセのない、すっきりした味わいのアルコールが精留され、ストレート?水割り?お湯割り?氷入れるなどして飲まれ、また、チュウーハイやサワーなどのベースとしても使われていますまた、アルコール分35％、25％、20％などのホワイトリカーとして販売され、梅酒など果実酒の漬け込みなどに広く使われています。
化学合成により作られた工業用アルコールは、酒類の原料として使えません（醸造アルコールと工業用アルコールの差異は、炭素の放射性からはっきりと区別することができます）
香気成分や有機酸など味構成する成分は、アル添してもあまり減少しません。一方で、鉄分など酒造工程において存在すると酒質に悪影響及ぼす物質は半分以下に減少します
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江戸時代も元禄の頃になると、酒粕や芋発酵させたもろみ蒸留して焼酎が造られるようになり、その焼酎もろみや新酒に添加したり、囲い桶（貯蔵桶）の内面にふりかけて酒が腐るの防ぐ方法が普及するようになりました。これ「柱焼酎」（はしらじょうちゅう）と呼んでいました当時の酒造技術書『童豪酒造記』（1685年）には、柱焼酎によって?味がしゃんとし、足が強く侯」（味がしっかりとして良くなり、火落ち＝腐造しにくくなる）と記されています。
もろみにアルコール添加するという技術は長姩かけて確立されたもので、現代の嗜好に合った淡麗で軽快な酒造るのに有効な手段となっています