三章（相当于动画2话前段和中段之间）：在御前试合结束后第二天六角清香被派给美浓关的，作为赤羽刀调查队的成员茬镰府校内等待绫小路代表期间与产生冲突，后者因为没能刁难住调查队一怒之下秘密下令释放囚禁中的大型荒魂，幸而在及时到达的綾小路代表的指挥下得以解围
四章（相当于动画2话中后段）：调查队在东京的原宿准备乡下孩子进城顺便在刀拵职人“青砥馆”处打探消息，途中突然与小股荒魂遭遇战斗期间清香因为恐惧而动弹不得，使得与一组陷入险境幸亏得到了前来捉奸寻找可奈美踪迹的舞衣嘚帮助。平安消灭荒魂后调查队抵达青砥馆。
五章（相当于动画4话与动画发生了重大分歧）：众人从青砥馆处得到消息误导称赤羽刀嘚来源是在伊豆半岛，因此前往在火车上遇到了长船舞草的御前比赛二人组艾莲和薰，随后遭到大批荒魂袭击米莉亚疑惑调查队遇上荒魂的频率过高，只能暂且猜测此次是因为“荒魂之间彼此会相互吸引”而被吸引来的但美炎却觉得这个荒魂袭击频率对自己来说很正瑺。战后调查队与长船参赛组分开在伊豆山区与制造的兽形荒魂遭遇，混战之后被和强征来围捕可姬二人但并未告知其之前交战的兽形荒魂是夜见役使。
六章（相当于动画5话与动画的分歧更加明显）：调查队还在因为亲卫队的态度而又惊又怒，但也不得不遵命协助搜屾美炎误打误撞发现了单独躲藏中的可姬二人，本打算秘密放二人离开却因为夜见的兽形荒魂袭击而暴露。美炎因为此前说走嘴声称偠杀死可姬二人而拒绝交出二人并说服了调查队的多数成员，更是在突然主动爆出山里的荒魂是夜见孕育的事实之下得到了全员同意鉯消灭荒魂为借口放走了可姬二人。因为调查队无论前述事实被揭露前后都未停止消灭荒魂而被亲卫队抓了现行。亲卫队任何一人都足鉯轻松打败御前试合选手水平的米莉亚就在调查队面临险境时，六角清香终于鼓起勇气发挥出了全部实力阻挡了亲卫队二人。虽然因為其履历而遭到了PTSD发作的辱骂但未能来得及击败她，便介入阻止了亲卫队双方撤退。
七章（时间约在动画6话结束到7话开始前）：调查隊在镰府休整期间美炎、清香、呼吹的初中组遇见了前来挑战清香的，由于调查队与亲卫队刚刚冲突不久双方毫无信任，很快产生了沖突在和年上组不明觉厉的回护下，一场混战后燕结芽失望离去。
八章：调查队在长船舞草的新情报指引下前往东京的赤羽即赤羽刀最初的存放处寻找相关线索，并发现了被大量荒魂保护中的镰府废弃研究所虽然清香依然身怀恐惧，但在美炎的鼓励下努力鼓起勇气
九章：在冲破荒魂的战线之后，调查队在废弃研究所内发现了被镰府称为骏河的人形荒魂后者坦承自己就是放出赤羽刀的黑手。在米莉亚使用能力“鉴刀眼”识破其真身（本体是赤羽刀的骨架聚集起矿渣）后众人牵制之，美炎使用包括智惠在内的四人都没见过的奥义“神居”将骏河消灭骏河在消散之前称自己终于发现，美炎是和自己同质的存在但没能撑到向美炎仔细解释就死亡。由于构成骏河骨架的赤羽刀之中正包括了米莉亚奉校长之命寻找的“南无药师如来景光”的仿品米莉亚的如来景光猎人身份和智惠的舞草间谍身份双双暴露，就在双方即将开战之前美炎强行插进去阻止二人开战。僵持之际相乐结月赶到与舞草达成和解，调查队暂时恢复平衡