Barrett食管怎么检查的病因至今尚鈈完全清楚尽管有关Barrett食管怎么检查与胃食管怎么检查反流之间的关系已被大多数学者接受，但Barrett食管怎么检查确切的发病机制仍不清楚の所以这样说是因为在
人中，只有10%发展为Barrett食管怎么检查而90%的患者并不发生变化。长期以来一直存在着两种学说即先天性学说和获得性學说。
1.先天性学说 先天性学说认为Barrett食管怎么检查是由于人体胚胎发育过程中柱状上皮没有被完全替代所致因此食管怎么检查下段遗留下胚胎时期的柱状上皮。一些临床观察也支持先天性学说
2.获得性学说 有研究认为Barrett食管怎么检查是一种获得性疾病，它与胃食管怎么检查反流性疾病有密切关系食管怎么检查下段长期暴露于酸性溶液、胃酶和胆汁中，造成食管怎么检查黏膜的炎症和破坏導致耐酸的柱状上皮替代鳞状上皮。研究证实大多数Barrett食管怎么检查病人存在。