故事背景也延续了系列第三作《轩辕剑系列外传～枫之舞》的若干相关设定。主角是一位墨家年轻的女弟子她目睹墨家在秦人不断围剿下，逐渐步入没落、败亡的惨狀不禁焦心如焚。

    她为了打破墨家奄奄一息的灭亡命运决心勇敢无视墨家的禁令，去私下探索过去墨家严令禁止去研究的两百年前失傳古科技──“机关术”由于机关术的研究，她慢慢又无意间接触到了另外两股更加神秘的古文明力量亦即华夏上古时期的“云中界”力量，以及古代神秘蜀文明的超科技终极兵器“黑火”这三股彼此互相纠结的力量，将故事慢慢引导进入力量冲突的最高潮

    黄沙起兮风云涌，天悠悠兮梦桃源纪元前二二一年赢政一统天下，开始实施严厉之集权统治并陆续歼灭所有残余之抗秦势力。墨家的年轻女弚子水镜为了对抗秦人强大而神秘之巨型机关部队，决心违背两百年前墨子所下的禁令毅然踏上了自己寻求墨门古老机关术复兴之旅……

    巨变之乱世，禁忌的力量！让神州大地的超科技文明带您再次经历一场最惊心动魄之轩辕神话！