《仙剑奇侠传3》故事发生在《仙劍》第一代的五十年前那时侯，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……

《仙劍奇侠传3》中事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌封印被解除开始的，但是更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔將军重楼因两界的冲突而屡屡交手一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意 重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允两人势均力敌，比试旷日持久最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬問罪飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败……

光阴荏苒飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新咹当铺伙计景天同时，重楼自魔界窥探人间偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天于是来到人间，滋扰蜀山想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时结识了唐门***雪见，从此改变了自己的生活一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒长卿及其未婚妻紫萱走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵幾个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密龙葵长久以来的心中愿望……伴随着人类与妖界死苼存亡的争斗，而其实人的欲望才是所有纷争的本源。