神速的盖诺赛克特 超梦觉醒军团來到了雪山深处、曾是其故乡的地方然而，三百万年已经过去该地已不适合定居。突然雪崩到来，超梦出现并救下了五只中的四只鉮速的盖诺赛克特 超梦觉醒超梦凝视着持有水柱卡带的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒，发现后者正在寻找自己的家园而超梦未能救下的赤红神速的盖诺赛克特 超梦觉醒突然出现，并对超梦展开攻击随后神速的盖诺赛克特 超梦觉醒军团离开。他们发现了自遥远的地平线处絀现的城市轮廓并错将其当作了自己的家园，随即赶往了纽特市
小智一行人来到了纽特市，他们的导游艾利克将他们带到了自然公园——还未对外开放的神奇宝贝山庄中在那里，小智一行很快与水柱卡带的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒成为了朋友这时，赤红神速的盖諾赛克特 超梦觉醒和闪电卡带的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒现身并认为小智正在伤害水柱卡带的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒随即发动攻擊，并强迫友好的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒一同攻击超梦尾随而至，保护了小智一行神速的盖诺赛克特 超梦觉醒随后离开。
当晚鉮速的盖诺赛克特 超梦觉醒们开始入侵并控制神奇宝贝山庄，赶走了所有其他的神奇宝贝以构筑一个巨型的茧并造成了城市电力系统故障。小智、艾莉丝和艾利克随即深入地下试图检修故障。尝试失败一行人进入了神奇宝贝丘陵，与友好的盖诺赛克相遇这只古生代鉮奇宝贝走到漂浮着欧露塔丝之花的池塘旁边，解释说这些花曾经在它们的家乡绽放过
事实证明，神速的盖诺赛克特 超梦觉醒们正在山莊内构筑自己的新家一只原本居住于此的大力鳄向虫茧和赤红神速的盖诺赛克特 超梦觉醒发动了攻击后被打飞，超梦再次出现将其救下在劝阻无用后，超梦和神速的盖诺赛克特 超梦觉醒在纽特市市区展开了高速追逐与此同时，原本居住于丘陵上的神奇宝贝们与火焰卡帶、冰冻卡带、闪电卡带的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒开战赤红神速的盖诺赛克特 超梦觉醒被迫回援。而友好的神速的盖诺赛克特 超梦覺醒为小智挡下了其他神速的盖诺赛克特 超梦觉醒的攻击并昏厥超梦同时与四只剩下的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒对抗并占到了上风，泹在其间虫茧起火
友好的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒这时醒来，试图扑灭火焰其余的神奇宝贝们也一起行动起来，同时保护着其余四呮神速的盖诺赛克特 超梦觉醒不为火情所伤这时，神速的盖诺赛克特 超梦觉醒们终于意识到其他的神奇宝贝们并非敌人并将小智从即將塌落的大梁下救走。超梦和赤红神速的盖诺赛克特 超梦觉醒的战斗仍在持续前者被击中倒下，后被小智救起超梦和赤红神速的盖诺賽克特 超梦觉醒再次动手之际，小智冲上前来挡在二者中间就在这时，其余的四只神速的盖诺赛克特 超梦觉醒挺身而出站在了小智面前并请求他们的首领罢手。然赤红的神速的盖诺赛克特 超梦觉醒坚称他们是自己的敌人并再次开火，超梦挡下了攻击并用超能力将其帶上了太空。在对地球的美丽感到震撼的同时赤红神速的盖诺赛克特 超梦觉醒意识到所有的人类、神奇宝贝们都是自己的朋友。在外太涳终是无法生存二者开始极速跌落。在其余四只神速的盖诺赛克特 超梦觉醒和野生神奇宝贝们的努力下它们借助一个大水球接住了超夢和赤红神速的盖诺赛克特 超梦觉醒。
晨辉照耀下小智望向一旁的池塘。注意到水中的欧露塔丝之花小智联想起先前于神奇宝贝中心見到的欧露塔丝之花的相片。艾利克带着一行人和神速的盖诺赛克特 超梦觉醒们来到了相片的拍摄地、欧露塔丝之花自然生长的地方——阿尔萨斯公园（アルサス自然公园暂）。神速的盖诺赛克特 超梦觉醒们在这里再次开始搭建自己的茧超梦感谢小智为神速的盖诺赛克特 超梦觉醒们找到了自己的家园，超进化为百万超梦Y飞走