电影一开场就是核弹在比基尼环礁的爆炸在炸弹引爆的水域一个巨大的锯齿状的尖刺从中升起。1999年科学家芹泽博士和薇薇安-格雷厄姆（莎莉-霍金斯 饰演）被调去菲律宾的一个采石场，那里有一个巨大的骷髅和两个蛋就在发现其中一个蛋已孵化不久后，日本附菦的金吉拉核电厂发生爆炸和辐射泄漏工厂主管乔-布罗迪在事故中失去了妻子珊德拉（朱丽叶-比诺什 饰演）。本次的意外被归结于地震导致金吉拉地区被疏散和隔离。十五年之后肯的儿子福特（亚伦-泰勒-约翰逊 饰演）进入美国海军任职于***处理部门，他与妻子艾莉（伊丽莎白-奥尔森 饰演）和儿子居住在旧金山当乔因为涉嫌非法进入隔离区被逮捕，福特前往日本去协助他在发现了灾难的真正原洇后，乔说服儿子为了去世的母亲陪自己去金吉拉在那里他们没有探测到任何辐射。随后他们被逮捕到一个废弃电厂中的秘密设施中，该设施围绕着一个巨大的蛋芹泽博士正在那里进行研究……