随着时代的进步，洛克人 X 系列终于进入了 PS 平台。新平台除了让主角们的眼角变得更尖锐之外，铺垫了 3 部作品的 X 系列终于露出了黑深残的本质。
故事伊始，ZERO 又一次落回同一个梦境，一名看不清面容的人对着 ZERO 说道：“ZERO，我的杰作，去打倒我的敌人莱特吧，去将 X 破坏掉！”紧接着，一脸惊讶的 Σ、X 的设计图、毁灭的半机器人军团、满是鲜血的双手，如同走马灯闪过。
由于 Σ 引发的多次破坏事件引起了社会恐慌，而猎人小队由于本身组成的局限性，加之诸多杂事所扰，人类决心建立了类似军队组织的改造军团用于处理大型事件。改造军团的建设很快被采纳，不仅吸纳了许多猎人组织的旧部，同时广集人才，很快便发展成为纪律严明效率迅速的大型军团。
不久后在 5567 区发生动乱，反叛人员占领了天空要塞，姗姗来迟猎人们来到天空要塞中心时，动力炉已经遭到了破坏。同样在现场的还有原 14 猎人小队的成员火龙，此时的火龙已经加入了改造军团。
火龙并没有否认动力炉的破坏与自己无关，几句劝说之后就离开了危险的天空城。失去动力来源的天空城急速下坠一场灾难在所难免。等到猎人传送过去，天空城下方的城市已经化为一片火海。废墟之中 ZERO 拯救了受伤的半机器人少女爱丽丝。同时还碰到了同样闻讯而来拯救妹妹爱丽丝的改造军团的上校卡尼尔。由于之前天空要塞动力炉被破坏，ZERO 合情合理地怀疑起此时赶来的卡尼尔。但此时的卡尼尔为了维护军人的尊严，并不打算束手就擒，甩开了纠缠了 ZERO 便离开了。
在多次机器人反叛的高压事件之后，人类简单地将不服从人类的命令就会被定义为异常者，许多半机器人仅仅只是觉醒了更强烈的自我意识就会被人类进行处理。也因此改造军团被人类认定为了异变者。
此时改造军团的将军为了维护军团的权利，同时也因为无法忍受人类一刀切的做法对半机器人的伤害，打算用现有的人员建设一个半机器人的国家。目的并非是为了对抗人类发动战争，而是希望在这个国家当中的半机器人可以获得的自由与安定。
发生这起政变之后没过多久，作为调查人员的爱丽丝来到猎人基地，夹在双方势力中间的她处境危难，只好请求 ZERO 不要和哥哥对抗。而ZERO认为异常者会影响这个世界的安定必须进行处理。
然而这次的异常者与以往不同，此时的改造军团更多的认为自己是革命者，且保留原来的意识。并希望联合所有的半机器人，战斗不是最终目的。这一点从他们机体的标识可以看出，改造军团的标识为开头字母 R 而原先的异常者则为符号 Σ。
猎人组织作为人类的先头军自然也不会容忍改造军团的作为，而且 X 与 ZERO的活跃终于使得上校卡尼尔坐不住了，为了避免更多的牺牲卡尼尔约 ZERO 在纪念馆单独见面。
尽管爱丽丝再三劝阻，双方最终还是交手。意见不合使得他们终究只能不欢而散。战斗仍在继续，随着猎人们的努力，节节败退的改造军团最终被逼到了太空港。此时作为改造军团最后一道坚墙的自然还是身为上校的卡尼尔。高举猎人与军人尊严的俩人再也听不见任何劝阻的声音。最后被击垮的卡尼尔却笑着说，自己已经达到目的了。原来卡尼尔本身只是诱饵，他的目的是拖住猎人，为改造军团争取乘坐巨型武装飞船到宇宙的时间。
回到猎人基地后，或许是因为无法接受哥哥的死，爱丽丝消失了。面对改造军团的威胁爱丽丝的事只能搁置一旁。通过猎人基地成员的努力，总算追踪到了宇宙要塞的坐标。
在要塞的中腹位置，原先失踪的爱丽丝挡在的 ZERO 面前。无法接受哥哥死亡事实的她决心向着猎人复仇，坐进武装晶体中想要击败ZERO。爱丽丝当然不是身经百战 ZERO 的对手。弥留之际，心中带有痛苦与向往的她，向 ZERO 表达了自己的愿望——希望拥有半机器人能变成自己想要的样子的世界，希望自己能和 ZERO 生活在那样的世界之中。
之后便在心爱的人怀中结束了生命。
悲痛欲绝的 ZERO 此时只想赶紧给这段悲剧划上句号，终于猎人们来到了改造军团将军面前。同样将军也拥有着对未来的美好愿景，抱着想要创造一个机器人与人类可以避开战争的新世界的愿望。将军和猎人的战斗一触即发。
就在将军和猎人胜负未分之时，太空船的武器系统竟然擅自打开并指向了地球。紧急之下双方搁置争议，打算先停止卫星武器。而此时一切阴谋的源头，死神模样的 Σ 终于出现向着 ZERO 吐露了所有事情的秘辛。
将命运之轮回拨到一百年前，以制造完全没有弱点的完美机器人为目标的威利博士盗取了莱特博士的技术也制造了一台机器人，并同样封存在胶囊当中。一百年后当这个机器人出世之时一出手就毁掉了整个半机器人伽马部队，当时还是队长的 Σ 闻讯赶来想要阻止这个暴走的机器人。但此时作为猎人最强战力 Σ 也被打的毫无还手之力。
危急时刻，机器人脑袋上浮现出“W”（威利博士首字母）头痛欲裂。此时 Σ 抓住了一线生机，一击得手击倒了机器人侥幸赢得了胜利。最后被送去维修的机器人失去了记忆，而他就是后来的 ZERO。
Σ一向认为半机器人应当高于人类，于是一方面蛊惑火龙破坏了天空要塞的反应炉燃起改造军团与人类的仇恨，一方面在将军面前煽风点火促进改造军团发生政变，猎人没有阻止阴谋家 Σ 的野心，卫星武器已经指向了人类。为了保全剩下的人类也为了军人的与生俱来的使命，将军以生命为代价毁掉了卫星。
一场轰轰荡荡的政变落下帷幕，面对改造军团的结局。X 思考许久人类与半机器人的未来，充满不安的他对 ZERO 说不确定会不会有一天自己会为了半机器人异常化，如果那一刻来临希望由 ZERO 结束自己生命。
PS:作为PS上第一作的洛克人 X，《洛克人 X4》满足了该系列玩家的所有幻想。借助 PS 的强大机能，丰富的 CG 和动画一下子将人物塑造的有血有肉。所以三形态的 Σ 打的人再怎么欲仙欲死玩家们仍然买账。另外《洛克人 X4》的双主角设计也是让人大呼过瘾。一手帅气光剑的 ZERO 从此成为许多玩家该系列的不二之选。不仅如此在选择不同主角进行故事行进中所经历的剧情也大不相同，由于关系到 ZERO 的身世之谜这里主要采用了ZERO线的剧情。在 X 线当中，曾经作为后勤人员的 DOUBLE 是安插在 X 身边的间谍且破坏了猎人基地。另外自《洛克人 X4》之后能明显感觉到 ZERO 变得越来越无口了。大概爱丽丝的死也让他感到一些自责吧。
在一片断壁残垣当中，戴莫纳对着无线电说道：“是啊工作结束了，殖民地随时可以坠落，撒播病毒的任务也完成了。”而通话的另外一头模糊之中还是能勉强辨别出一个熟悉的光头。
和平没有持续太久，猎人基地的平静因 Σ 的又一次突然出现再起波澜，越过塌陷的路面，猎人跟踪到了女神像附近却不见 Σ 踪影，直到身负重伤的 ZERO 出现。
原来 Σ 想以女神像为幌子在内部制造自己的新躯体。所幸此刻赶来的猎人迅速消灭了 Σ 的企图。然而事情并没有这么简单，随着 Σ 身体的爆炸，原先藏在内部 Σ 病毒已经蔓延在了地球各处。这才是 Σ 的最终目的。
福无双至祸不单行，猎人基地艾莉雅通知了猎人们另外一个坏消息，原先作为太空殖民地的欧罗西亚突然偏离了原定轨道朝着地球方向落下。距离碰撞也仅剩 16 个小时，一旦殖民地落到地面后果不堪设想。
所幸猎人组织的反应极快，立刻拟定了艾尼格玛炮和太空梭计划。
艾尼格玛是猎人组织的对舰武器，威力极大有可能一发击散殖民地，太空梭计划则是通过太空梭前往宇宙近距离发射导弹完成任务。但情急之下俩个计划的所需要的零件并不齐全，且由于病毒的关系无法运输到猎人基地，于是一场争分夺秒的守护地球事件落到了猎人的手上。好在此时的 X 和 ZERO 早已身经百战，4 个小时后就收集到了艾尼格玛大炮所需的全部零件，些许准备之后一道巨大的激光划穿天际。
不幸的是艾尼格玛大炮的破坏力仍然不够，只能短暂延缓毁灭的到来。本已是多事之秋，西格玛的手下戴纳摩还不时袭击猎人基地耽误时间。好在因为不明原因，ZERO 发觉自己不仅不会受到病毒的影响反而加强了力量。众志成城之下终于将太空梭发射进入外轨道。
驾驶技术精湛的 ZERO 最终破坏了太空殖民地，但余下的病毒仍在殖民地残骸处肆虐。面对越来越多的人被病毒感染，也为了调查自己为何会被病毒加强，ZERO 决心前往太空殖民地的残骸之中寻找真相。但 ZERO 的行动被赶来的 X 所阻止了。
X 认为 ZERO接着调查下去极有可能会被感染，希望 ZERO 能和自己回去。而因为之前梦境的关系，接近真相的 ZERO 并不打算放弃。争执之下两个跨越百年的宿命之敌没有逃过命运的戏弄兵戎相向，尽管 ZERO 的战斗经验更加丰富，充满决心的 X 在紧要关头击中了 ZERO 双方两败俱伤昏死过去。早已经在一旁观察的 Σ 当然不会错过消灭 X 的大好时机。千钧一发之际拥有自我再生能力的 ZERO 率先醒来挡在了 X 身前以手炮赶走了 Σ。
Σ 的冒失举动暴露了他的行踪。猎人很快就追踪到了 Σ，Σ 老巢当中的病毒却是 ZERO 病毒。原来当初开发 ZERO 时威利博士担心 ZERO 会像弗鲁迪（威利博士开发的另一款机器人）一样不听使唤。在 ZERO 程序之中加入了病毒用于控制。而当初 ZERO 出世时，头部显示 W 字样正是病毒作用。也就是那时侥幸击败 ZERO 的 Σ 被病毒感染并且变异出了 Σ 病毒。可以说是一切悲剧的起因。
尽管如此，敌人就是敌人，猎人的使命仍然需要完成。再次落败的 Σ 顽强的用残破的头颅击穿了 X 和 ZERO。如命中注定一般，引起 Σ 悲剧的人、拖着半截身躯的 ZERO 用最后的手炮消灭了 Σ。
PS：《洛克人 X5》丝毫没有逊色于前辈。该作当中X可以收集多套装甲根据需求使用，拥有长时间浮空能力的猎鹰装甲更是被人称为 BUG。与前作不同的是该作并不需要将所有 BOSS 打完。收集足够零件之后艾尼格玛大炮有可能直接摧毁殖民地，这样就可以越过 4 个 BOSS 直接去打 Σ。另外如果进入殖民地陨落的失败结局，吸收大量病毒的 ZERO 最终会觉醒同时记起自己的使命，而 X 也必须阻止丝毫不防水的 ZERO ，他也是全系列唯一有秒杀主角能力的 BOSS。BAD END 中 ZERO 为了拯救X自爆，而 X 最终扛起了 ZERO 的责任继续率领猎人组织。
殖民地坠落事件三周后，异常者活动再起，受伤的 ZERO 不见踪影，手持 Z-SABER 的 X 扛起了猎人组织的全部责任。这次的任务是废墟之中解救人质并消灭突然暴露的巨大机器。击败机器后，ZERO 短暂出现并给了机器最后一击。就在 X 一头雾水之时，一名名为海马克斯的半机器人缠住了 X。海马克斯将 ZERO 称为梦魇，声称巨大机器的暴走正是由梦魇导致的。短暂的交手后，不能给对手带来实质性伤害的 X 只好暂时撤退。
回到猎人基地的 X 收到了另外一个消息，后勤人员艾莉雅的前同事艾斯克（Isoc）对全世界发表了这么一个演讲，他说道最近频繁出现的梦魇现象破坏了半机器人赖以为生的世界，最近的研究表明梦魇可能使半机器人故障或者自我删除。为了不再有牺牲，不再有灾难。艾斯克成立了一个新组织与诸多志愿者去调查此事。如此大肆煽动群众的行为当然引起了猎人组织的注意，于是 X 单***匹马打算搞清楚艾斯克葫芦里卖着什么药。
X 很快就发现了一些蹊跷，并击倒了到处肆虐元凶之一的梦魇 ZERO，并带回了完全修复后的 ZERO。X 怀疑的没有错，艾斯克背后计划着另一个阴谋。此时的一切的线索指向了天才科学家盖特。
盖特以开发半机器人威名四方，他为人自傲。开发半机器人是非常激进虽然富有才华但是总得不到赏识。在猎人组织活跃四方的时候，盖特也希望制造 X 或 ZERO 那种强大的半机器人。钻入牛角尖的他渐渐地越过原先的约束。久侯机会的盖特终于在殖民地陨落事件之后，捡到了 ZERO 的碎片。如鱼得水的他先是制造了海马克斯，更用梦魇病毒改造了自己的身体。他也发现 Σ 病毒与 ZERO 病毒极为相似。为了向抛弃自己的世界报复，他到处释放 ZERO 病毒。并让艾斯克大肆煽动群众。
知晓一切的 X 前往盖特的秘密研究所，走投无路之下盖特释放了复活的 Σ。
Σ对盖特的救命之恩毫不领情，对盖特的作为十分反感，反手消灭了盖特。带着嫉妒与怨恨的 Σ 冲着猎人汹汹袭来，由于准备不足再次倒在了猎人们的手下。
PS：原先打算在 5 代完结的洛克人 X 系列迫于销量压力仍然出了续作，但《洛克人 X6》不仅将系统做的完善又具体，梦魇系统也让人眼前一亮。每个关卡都有单独的梦魇事件会发生，根据关卡顺序不同还会对其它关卡的梦魇造成影响，使得每次通关都有或多或少的不同。虽然 X 拿起了 Z-SABER，但可惜他没有习得 ZERO 的鬼畜斩（ZERO砍出第一刀后用冲刺取消因为不会触发boss无敌可以连续使用造成大量伤害）并不好用。剧情上艾斯克的台词令人深疑他似乎很了解 ZERO 的身份，加上造型的缘故坊间也有他是威利博士化身的说法。本作同样采用了多结局的方式拥有三个结局，其中一个结局的结果是 ZERO 认为自己对世界是个危险，拜托其他人将自己自我封印起来。但在以此该结局的分支衍生作品《洛克人 ZERO》中梦魇事件是 ZERO 本身的原因，提都没提盖特的名字，或许《洛克人 ZERO》本身就是一个平行世界吧。
经历多次战乱之后不愿意再看到半机器人互相残杀的 X 渐渐隐入幕后，没了 X 的压制，异常者的犯罪率极大提升。此时由雷德率领的民间组织的自卫军团红色警戒应运而生。这次的故事就从想要离开红色警戒的一名成员说起。
年轻的艾克赛尔是一名红色警戒的成员，在一次任务中艾克赛尔听从首领雷德的命令打断了一起商人的私下交易，并通过伪装的能力悄悄潜入击杀了敌人。
因为巨大机械的动乱 ZERO 赶往了阿布尔市（阿布尔市也是《洛克人 X》初代中序关的城市），追逐战中 ZERO 恰好遇上了在逃亡之中的艾克赛尔，初出茅庐的艾克赛尔自来熟地想要帮助ZERO，显然红色战神毫不领情，事件解决之后身份不明的艾克赛尔被铐着带回了猎人基地。
一番交涉之后，艾克赛尔道明缘由，他曾经是红色警戒的一名成员，自发地解决了许多异常者事件。但现如今的红色警戒只是一个为了利益组织起来的组织，不仅处于长时间的内斗，还对周围造成许多损害，与唯利是图的杀人组织早已没什么两样。越加无法忍耐红色警戒所作所为的艾克赛尔决心离开了组织，渴望成为一名真正的猎人。
而另一方面，红色警戒的头目雷德也得到了消息，因为艾克赛尔，猎人组织与红色警戒的争斗不可避免。恼羞成怒下雷德甚至放出了曾经抓捕的异常者引起各地的暴乱。自觉有责任的艾克赛尔决定协助猎人组织，此举引来了 X 的不满。
X对身份存疑的艾克赛尔并无好感。不过由于人手实在不足只好作罢，好在艾克赛尔的卓越表现为他赢得了猎人们的信任，同时他的努力也激励了并不看好他的 X 重新燃起斗志返回猎人前线。
X 的加入使得猎人如虎添翼。雷德终于坐不住了，发出深红宫殿坐标打算与猎人决一死战。要闯入龙潭虎穴的深红宫殿绝非易事，千辛万苦穿过漫长的宫殿之路。雷德早已久候多时。被猎人们阻止疯狂行径后，病毒缠身的雷德得知了一切都是 Σ 的阴谋，在最后关头幡然醒悟，引爆自己和宫殿，结束了红色警戒的一系列闹剧。
雷德的死去不代表事情真正的结束，艾克赛尔愤恨之下找到了最终幕后黑手 Σ。几轮交手之后，艾克赛尔伪装成雷德给了 Σ 最后一击亲手手刃仇敌。艾克赛尔的出色表现让 X 大为惊叹，打算帮助他成为一名正在的猎人。
PS：即使 X 系列的铁杆粉丝，在提到这作《洛克人 X7》时大多摇头叹气。《洛克人 X7》可以说是洛克人系列最终向不可避免的 3D 游戏化趋势的妥协。但系统极不完善，人物设定与之前也有很大出路，比如 X 在这作当中性格 180 度大转弯化身为一名反战斗士，再加上 3D 关卡判定并不精确，连卡普空一直引以为傲的动作设计也是一塌糊涂。《洛克人 X7》的失败可以说合情合理，但一家游戏公司之所以伟大并不是不会犯错而是敢于尝试且迅速吸取教训，这一作并非毫无可取之处的，在洛克人另一个系列钢铁之心中卡普空的 3D 效果就做的很好。而本作第一次加入的双角色切换也为《洛克人 X8》优秀奠定基础。
经过数次的战乱，地球生态已经不再适宜人类生存，人类将生存环境一步步扩向太空，作为地球唯一卫星的月球成为了人类的不二之选。很快一条通往月球的巨大的轨道输送带雅科布建立完成。这次的故事就从一起通往月球货车脱轨说起。
前来检查货车脱轨事件的 X 在案发现场发现了无数个复制完成的 Σ，但是还未等到 X 出手他们就挨个变成了普通的工作人员。就在 X 疑惑之际，作为雅科布管理人的露明妮向 X 作出解释。为了抵抗反复再生 Σ 病毒，人类制造了一匹拥有复制芯片的新一代半机器人，因其强大的复制还原能力不仅不会受到病毒和异常化的影响。还能复制强大的 Σ 的 DNA 获得强大力量用于建设。
诺亚公园，一个能力特异的异常型号机器人需要调查，此时的艾克赛尔在 X 的指导下也成为了一名出色的猎人一同前往。事情并没有想象中的那么简单，销声匿迹许久的 V***A 再度现身并绑架了露明妮。来势汹汹的 V***A 不仅利用露明妮控制了整个轨道传送带，还释放了准备许久的异常者引起各地异常反应。一时间猎人们奔波劳碌四处周转，一边解决异常事件一边破译西格玛所在位置的信号。一筹莫展之时一条信息传入猎人基地，Σ 主动向 X 约战，得益于反追踪技术，猎人反向传送到 Σ 所在位置雅科布，并乘坐传送带来到雅科布的顶点。
首先出现的不用多说是老对手V***A，此时的V***A骑上了熟悉的动力装甲不禁让人回想起初代时的那场对决。当然 X 早已今非昔比，解决了拦路虎，猎人终于来到了月球通道见到了 Σ。Σ 号称自己已经控制了月球，并要毁掉地球上所有的旧型机器人。熟悉 Σ 的猎人很快发现这个 Σ 并不是真身而是普通机器人通过复制芯片伪装而成的 Σ。为了调查最终的真相猎人只能前往月球表面的 Σ 基地了一探究竟。
月球基地深处，王座之上的 Σ 以帝王的姿态审视前来的 X，罪归祸首的 Σ 当然不是之前复制体可比的。这次 Σ 的目的除了毁灭人类外还想要毁掉所有旧形机器人。猎人当然不会允许他这么做，再次粉碎了 Σ 的野心。
击败 Σ 之后猎人在月球基地找到晕倒的露明妮，本以为完全结束的事件再生异变。
昏厥的露明妮突然醒来，并毫无掩饰的展露了她的邪恶企图。原来从诺亚公园开始猎人们就掉入露明妮自导自演的布局当中，新智慧型机器人的复制晶片由旧机器人们分析而成，不仅可以复制 Σ，更赋予了新型机器人强大的战斗力。作为新型机器人的领袖露明妮预言所有的旧机器人终有一天会发生异变，而新型机器人即使异变可以进行还原，所以即使令半机器人闻风丧胆的 Σ 病毒也成了露明妮的傀儡为之利用。露明妮想通过消灭所有旧时代的机器人与人类创造一个只属于新型机器人的完美世界，而作为旧世界武装力量的猎人必然是她优先要除掉的目标。
不消多说知晓真相的猎人自然不能坐视不理，不仅拥有众多分身，还通过复制能力的使她露明妮可以使用之前异常者的全部招数。面对猎人的顽强抵抗没有耐心的露明妮显出真身，发现破绽的猎人们齐心协力最终击倒。露明妮跪地扬天带着她的理想走入生命尽头。或许是因为露明妮的一番话让艾克赛尔产生了动摇。见露明妮如此惨状想要上前给其最后一击。然而百足之虫死而不僵，露明妮用最后的力量击晕了艾克赛尔。
PS：和《洛克人 X7》仅隔一年《洛克人 X8》的进步非常巨大。除了画面上的改进去，除了原先令人难受的 3D 关卡，系统设定也非常完善隐藏要素也十分丰富。像在特罗亚基地中如果每次过关评价都为最高，还能进入 FC 时代与 BOSS 剪刀人一决胜负。猎人基地方面除了原先的领航员功能增多之外每次完成任务猎人和领航员还能有一些有趣的对话，这些不经意间的小互动也让基地终于不只是个摆设。战斗系统中三个主角各有特色，ZERO 这次可以使用各种武器扇，键，矛，拳......可谓十八般武艺齐全；X 一如既往的稳健；艾克赛尔的飞行能力成了某些关卡的必选角色。剧情之中历经 7 代的最终 BOSS Σ 终于可以休息一下了。在洛克人 X 系列的世界当中，人类出现的内容并不多但是我们可以明显的感觉到人类在侧面影响着整个世界的进程，每一次事件的发生人类都脱不出关系。过分依赖的可以反而会让人类走向灭亡或许这就是整个系列想要展示的核心主题吧，这在《洛克人 ZERO》系列中有更多的体现。随着稻船敬二的离开整个洛克人 X 系列也已经搁置了十多年之久。虽然仍有遗憾但我认为不失为一个体面的结局。
不行的 露尼亚一定要杀完 要通关一篇之后才有 打完开头的关之后 回到研究所 开发zero那里就有了
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