在本篇后章中，藤木游作（「连接境智网」用户名：组织核心）的电子界族相关卡的由来以及藤木游作和草薙翔一在「现实世界」中的相识经历也相继浮出水面，继而为由「失落事件」所引发的后续的故事情节提供了线索。此外，由「组织核心」、「汉诺骑士」、「SOL技术公司」、毁灭了「电子界」的「神秘组织」所引发的围绕以『争夺「电子界」和「火灵」』为主题的混战局面也愈演愈烈。
※电子界族相关魔法?陷阱卡以外的各卡的日文名、英文名、密码、卡包详见于本词条末尾处各自对应的「参考资料」。
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从「新生连接境智网」的「禁止区域」回归「现实世界」后，藤木游作和穗村尊再次回归了日常的校园内生活中。
那之后的某1日，来到草薙翔一所经营的「移动热狗铺」的穗村尊因好奇心而向草薙翔一询问起草薙翔一自身和身为「组织核心」的人间体——藤木游作邂逅时的经历。因穗村尊曾协助草薙翔一寻找被「神秘组织」所夺取的草薙仁的「意识」，作为回报以及对穗村尊的坦诚之心的回应，草薙翔一开始讲述起其自身和藤木游作的过往经历，继而回顾起10年前和「失落事件」的相关线索。 根据草薙翔一的回忆，自从作为「失落事件」的受害人之一的草薙仁在被「电子市」的「救援队」从「失落事件」救回后，曾经性格开朗的草薙仁变得如同失去「意识」一般死寂。为此，察觉到草薙仁的性格因 「失落事件」而变得迥异草薙翔一，为了探寻「失落事件」的真相以及对其受害者的潜在影响而计划秘密潜入「连接境智网」进行调查。 那之后的一段时间内，以『调查「失落事件」』为目的和动机而励志成为黑客的草薙翔一，为了便于其自身潜入「连接境智网」搜集相关情报而开始自学和练习「网络技术」，并独自创建了其自身在「连接境智网」内的用户名为「未命名」的「虚拟实境形象」。 某1次，在「未命名」于「连接境智网」内部展开调查的过程中，「未命名」遇到了以『抹除散落于「连接境智网」内部「电子 界族」相关卡』为目的的「汉诺骑士」。目睹了能够直接注销因偶然遇到「汉诺骑士」的用户的用户名的草薙翔一想要逃离「汉诺骑士」的视野，却被「汉诺骑士」发现。危难之际，1位用户名和「虚拟实境形象」为「未知」的神秘决斗者的援助让「未命名」退出登陆了「连接境智网」。 那之后的某1次，未放弃目的的「未命名」在「连接境智网」内再次陷入被「汉诺骑士」围捕的危机。所幸的是，「未知」的再次到来和援助让「未命名」逃离了「汉诺骑士」的控制范围。挡在了「汉诺骑士」的面前的「未知」以迅雷不及掩耳之势的「大师决斗」解决了1位「汉诺骑士」。得知「汉诺骑士」对「失落事件」毫不知情的「未知」随即在回到「现实世界」的草薙翔一的协助下退出登陆了「连接境智网」。 因察觉「未知」也在调查「失落事件」，持有相同目的的草薙翔一在「未知」即将退出登陆之际向「未知」透漏了草薙翔一自身在「现实世界」的位置，并希望「未知」的人间体能和草薙翔一自身在「现实世界」中相见。 于是，来到草薙翔一那里的身为「未知」的人间体的1位「神秘少年」在听草薙翔一述说了其自身为了调查「失落事件」的缘由和经历后终于答应和草薙翔一合作调查「失落事件」的真相！ 那位「神秘少年」，即是之后身为故事主角和「失落事件」的受害人之一的藤木游作！ |
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在藤木游作和草薙翔一结识的不久后，其2人以草薙翔一的「移动热狗铺」为位于「现实世界」的「据点」并协同着手于调查「失落事件」的真相。
然而，在这个过程中，在「网络世界」展开调查的「未知」未能从被其击败的「汉诺骑士」那里得到和「失落事件」相关的情报。 「未知」在通过和「汉诺骑士」的决斗中所获取的唯一的有效情报即是『「汉诺骑士」在「网络世界」中狩猎「电子界族」相关卡』。 就在「现实世界」中的藤木游作对此深感束手无策时，草薙翔一查找到了1个名为「电子界都市传说」的网站。根据草薙翔一通过这个网站所了解到的相关信息，某 个人因惧怕身为「电子界狩猎者」的「汉诺骑士」而在「网络世界」中构筑了1个类似布满机关的「迷宫」的「虚拟实境空间」，并将「电子界族」相关卡封存在了这个「迷宫」中。 得知这个信息的藤木游作随即推断「汉诺骑士」之所以在「网络世界」中扮演「电子界狩猎者」的缘由是「汉诺骑士」自身畏惧「电子界」以及「电子界族」相关卡的存在，而「电子界族」卡组也可能是和「汉诺骑士」抗衡的关键卡组。因此，藤木游作计划登陆到位于「网络世界」的「迷宫」中一探究竟。 进入「网络世界」的「未知」和「未命名」根据「电子界都市传说」网站所提供的线索在对应位置处找到了那座「迷宫」，「未知」由此推断「电子界族」卡组封存在其中的可能性极高。尽管「未命名」怀疑「迷宫」是「汉诺骑士」布置的「陷阱」，「未知」却认为无论「迷宫」是否是「陷阱」都有被勘探的价值。 「未知」解释道：若「迷宫」是「陷阱」，其2人可借此主动逼近「汉诺骑士」来调查「失落事件」的真相；若「迷宫」不是「陷阱」而内藏「电子界族」卡组，得到这副卡组的决斗者会吸引「汉诺骑士」的注意，亦利于「失落事件」的调查行动的展开。 对「未知」的想法深表赞同的「未命名」随即和「未知」一同进入了位于这座「迷宫」的深处的1间「密室」内，并在其中发现了1个看似封存着「电子界族」卡组的「石棺」。就在「未知」和「未命名」斟酌利用「迷宫」内的「机关」来抵达「石棺」所在位置的方法时，1位「汉诺骑士」闯入「密室」内。 「未知」和「未命名」随即隐藏起来并暗中观察这位「汉诺骑士」的举动。 因之后这位「汉诺骑士」触动了「密室」内的「机关」，通往「石棺」的「路径」必须以「大师决斗」的「残局决斗」开启。因 此，镇守于「密室」中的「人工智能」——「古代幽灵」显形并和这位「汉诺骑士」展开了「残局决斗」。然而，急于求胜的「汉诺骑士」最终未能破解这次「残局决斗」并中了「密室」内的「陷阱机关」，成为了「迷宫」的牺牲品。 暗中观察了整次「残局决斗」的全过程的「未知」感慨到这类「残局决斗」的参与者必须谨慎地把握住1次机会来将其彻底破解，否则会像那位「汉诺骑士」一样重蹈覆辙。 在抵达「石棺」的「机关」重置后，抱着『获取「电子界族」卡组』的决心的「未知」即刻前去挑战和之前的那位「汉诺骑士」 所面临的场面相同的「残局决斗」。在此期间，尽管有另1位抵达「密室」的「汉诺骑士」的阻碍和干扰，在「未知」缜密的观察和思索下终于发现了破解这次「残局决斗」的玄机——作为这次「残局决斗」的最终场面，参与者利用对方的额外连接的场面构建出双方的连接怪兽必须全部在场上存在的场面，场上的连接怪兽各自的全部所连接区必须有连接怪兽，且场上的连接怪兽全部是互相连接状态才能构建出通往「石棺」的「完整路径」——「桥」。 最终，「未知」成功地破解了这次「残局决斗」。然而，抵达「石棺」所在处的「未知」和「未命名」并未从「石棺」中搜寻到「电子界族」卡组。 「石棺」消失后「迷宫」也濒临崩塌。无奈之下，「未知」和「未命名」退出登陆了「网络世界」。 回到「现实世界」的藤木游作根据「残局决斗」的最终场面和「电子市」的地图作了对比，从位于「电子市」内的「三门大桥」中的其中1座正在建设中的「桥」的「鸟瞰结构图」推测那其中暗藏着指向隐匿于「现实世界」的「电子市」的「电子界族」卡组位置处的「藏宝图」。此外，藤木游作回顾起尽管在「残局决斗」中其自身连接召唤的「安全守卫者」和已经在场的「代理龙」在互相连接状态，但「安全守卫者」和「代理龙」之间没有构成代表这个状态的「桥」。因此，藤木游作进一步推断「残局决斗」中的「安全守卫者」的连接召唤位置是暗示『「电子界族」卡组在「现实世界」所在处』的「特殊位置」。 最终，藤木游作和草薙翔一在「电子市」的某个仓库中找到了象征着其2人的「羁绊」的「电子界族」卡组！藤木游作也将其自身的用户名从「未知」更改为代表着『向「汉诺骑士」复仇的「司令塔」』的含义的「组织核心」！ |
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在藤木游作从「新生连接境智网」回到「现实世界」后的某1日，位于藤木游作在「现实世界」的居所内的「艾」偶然从「新生连接境智 网」的「网络论坛」中和「组织核心」相关的「网络留言板」中发现了1段署名为『「地」属性「火灵」——「厄斯」』的内容为『参见「组织核心」』的留言。对「厄斯」的性格了若指掌的「艾」笃定这段留言的作者正是「厄斯」，而并非恶作剧。
得知可能会寻找到同样身为「火灵」的「厄斯」的下落的「艾」向藤木游作和草薙翔一寻求援助。藤木游作认为「电子市」市内知晓「火灵」存在的「人类」占极少数，因而存在着极大的可能性来排除署名为「厄斯」的这段留言的伪造性。 为了明确这段留言的真实性，「艾」随即用「火灵」所独有的「算法」以「代码」的形式编写出了包含『「艾」自身位于「现实 世界」的具体位置信息（内藏通常怪兽——「入魔鬼?血石」的描述的暗示性信息）』的1段留言并发布到了「网络留言板」上。紧接着，「艾」在「网络留言板」上收到了1段包含着1处「位置坐标信息」的回复性留言。 仍然不能完全确认回复了「艾」所编写的留言的对方的具体身份的草薙翔一担心这段回复性留言是「陷阱」。然而，藤木游作仍计划进入「网络世界」去亲自确认这段回复性留言的真伪并借机收集和草薙仁的数据化的「意识」相关的情报。 ●「光」：沉着冷静，捉摸不透，适合作「火灵」的领导者。 ●「暗」：无具体说明。 ●「风」：无具体说明。 ●「地」：老实憨厚，略不精变通。 ●「水」：内心窥探，善辨谎言，适合作「火灵」的副领导者。 ●「炎」：无具体说明。 就在「艾」向「组织核心」介绍「火灵」期间，「厄斯」突然现身并将「组织核心」和「艾」引导至1个山岩遍布的「虚拟实境空间」中。在这个「虚拟实境空间」中，以『确认「人类」对「火灵」的立场和态度』为目的的「厄斯」向「组织核心」发起了「大师决斗」的挑战。 因「艾」对「厄斯」发起「大师决斗」的目的持有疑问，「厄斯」进一步解释道：「水」属性「火灵」——「阿库阿」曾在「电子界」被毁灭之前告知「厄斯」1件事。那即是「阿库阿」自身预感到「火灵」会在不久后分为『以「人类」的立场为主的「火灵」』和『以「火灵」自身的立场为主的「火灵」』这2个不同的「阵营」。因此，对「人工智能」和「人类」之间的 最终关系上的预知和理解成为「火灵」的加入「阵营」的关键。 「厄斯」想要通过这次「大师决斗」来亲自看清身为「人类」的「意识」的「组织核心」的真实立场。 因执着于调查「鲍曼」所在的「神秘组织」的「组织核心」为了从「厄斯」那里获取情报而接受了「厄斯」发起的「大师决斗」的挑战。 在这次「大师决斗」中，「组织核心」从「属性匹配」的方面推断出「厄斯」是以「汉诺骑士」的成员之一的「亡灵」为「基础原型」而被创造出的「火灵」。另一方面，「厄斯」推断是身为「智慧生命」的「人类」毁灭了同样身为「智慧生命」的「火灵」所创造的「电子界」，并质问「艾」为何要相信「人类」。无法确认身为毁灭了「电子界」的「神秘组织」的成员之一的「鲍曼」的「实体」所属的「种族」的「艾」无法提供给「厄斯」所期待的***。因此，「厄斯」执意继续进行这次「大师决斗」。 「组织核心」和「厄斯」是否能从这次「大师决斗」中找到各自所期待的***呢……！？ |
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在「组织核心」和「厄斯」的「大师决斗」的最终回合，「组织核心」用「电子界时钟龙」战斗破坏了「厄斯」的王牌怪兽——「G石人?无效支石墓」，并在最终取得了这次「大师决斗」的胜利。
然而，对「鲍曼」所在的「神秘组织」的具体细节信息毫不知情的「厄斯」无法提供给「组织核心」所期待的***，并在其亲自确认了「组织核心」对于「火灵」的立场后隐匿于「网络世界」。对此深感无奈的「组织核心」也在随后退出登陆了「新生连接境智网」。 在藤木游作回到「现实世界」的不久后，「艾」在「无意识状态」下被引导至1处位于「网络世界」中的「迷之领域」中。在「艾」恢复「意识」后，「艾」察觉其自身所身处的这处「迷之领域」竟然疑似从崩坏状态被复原的「电子界」！ 另一方面，位于「现实世界」的藤木游作察觉到了「艾」失踪于藤木游作自身的「旧式决斗盘」的端倪。对于「艾」的失踪深感疑惑的藤木游作随即前往草薙翔一所经营的「移动热狗铺」那里商讨对策。根据草薙翔一的解析，藤木游作的「旧式决斗盘」本身并无故障。由于早先设置于「旧式决斗盘」中的用于将「艾」和「网络世界」断开联系的作为「信号屏蔽」的「锁定程序」被「未知黑客」解除，藤木游作推断「艾」在失踪于「旧式决斗盘」之前所登陆的1个「文字解谜游戏网站」成为揭晓「艾」的失踪之谜的关键性信息。 那之后，作客于草薙翔一的「移动热狗铺」的穗村尊所持有「火灵」——「不灵梦」察觉到这个「文字解谜游戏网站」是用「火灵」所独有的「算法」以「程序」的形式所编写并构建的。 「不灵梦」随即对刊登于这个「文字解谜游戏网站」中的「文字方格」进行了数据解析，从而通过暗藏于「文字方格」中的「火灵」所独有的「算法」中解析出了1个「网际协议地址」为「rsi8athvn6entoi」的「外部网站」所对应的「链接」。 根据「不灵梦」所提供的「网际协议地址」，草薙翔一通过这个「外部网站」找到了1处位于「新生连接境智网」内部的「迷之领域」的「虚拟实境空间」 。推断这个「迷之领域」可能和「火灵」相关的藤木游作随即计划独自登陆「新生连接境智网」并前往那处「迷之领域」。 在登陆了「新生连接境智网」的「组织核心」前往并进入那处「迷之领域」的过程中，位于「迷之领域」内部的「艾」被「连接例子球」强制带到了1处被类似「山岩」的「虚拟实境帷幕」所掩盖的「虚拟实境空间」中。位于那之内的竟然是早先消失于「新生连接境智网」的「禁止区域」的「风」属性「火灵」——「温迪」所管辖的作为「风之领域」副本的「迷之遗迹」！ 无奈于被「连接栗子球」所抛下的「艾」进入了「迷之遗迹」内部的1处以「阿拉伯文」——「奉至仁至慈的真主之名」命名的「内殿」。在那之中，突然显形并用「火灵语」调侃「艾」的「温迪」和「回音」向 「艾」说明了这处「迷之领域」正是「温迪」自身以被「神秘组织」毁灭之前的「电子界」为「蓝本」所构筑的因未能聚齐全部6位「火灵」而仍未完善至完美臻至的「虚拟实境空间」。 就在「艾」对于「温迪」以『重建「电子界」』为目的而作出的行为感到诧异之际，「光」属性「火灵」——「莱特宁」也突然显形于「艾」的面前。惊讶于「莱特宁」和「艾」这2位「火灵」均隐匿于这处「迷之领域」的「艾」随即向「莱特宁」询问起「电子界」被「神秘组织」所攻陷的细节信息。根据「莱特宁」对于「艾」的疑问所提供的***，5年前「艾」为了对应「汉诺骑士」对「电子界」的突袭而将「电子界」屏蔽于「网络世界」之 「艾」以外的其余的5位身处「电子界」的「火灵」在这个基础上为了进一步让「电子界」免受来自「网络世界」的干扰而合力在「电子界」外围编写了「防卫程序」。然而，让「火灵」始料未及的是，某个来自于「网络世界」的「神秘组织」趁身处「电子界」的诸位「火灵」进入「扫描模式」而无法运作「防卫程序」之际攻陷了「电子界」并导致了「电子界」的毁灭。在听了「莱特宁」的叙述后，深知「火灵」的弱点不会被轻易泄露于「网络世界」的「艾」随即推断「火灵」之中出现了奉命于「神秘组织」的「间谍」的可能性。 随后，「艾」、「莱特宁」、「温迪」针对在「电子界」被毁灭之后便下落不明却在早先预见到了『「电子界」会被毁灭』的 ——「阿库阿」是「间谍」的可能性作了讨论，却没有得出结论。不屑于进一步讨论「神秘组织」和「间谍」的事情的「莱特宁」和「温迪」随即向「艾」明确了『重建「电子界」』的必要性。根据「莱特宁」的理解，「人类」存在着在认定「火灵」会对「人类」自身构成威胁后团结一致地将「火灵」抹杀于「网络世界」的可能性。因此，完全回避「人类」的干涉的状态是实现『重建「电子界」』这个目标的关键。并且，在「网络世界」中寻找能够完全回避「人类」的干涉的「火灵」的「适宜居所」的「位置坐标」势在必行！ 此外，「莱特宁」和「温迪」均坚信着『「火灵」是作为「人类」的「后继种」而被创造出来的存在』这个理念，并坚持认为「鸿上博士」在创造了「火灵」之后却要将「火灵」抹杀殆尽的做法是源自『「鸿上博士」自身无法摆脱身为「人类」所带来的「命运的束缚」』的愚昧之举。更甚一步，「莱特宁」计划『让「火灵」来统治「人类」』，以此来实现『「人类」作为「火灵」所持有的「无限生命」的「容器」』这个目的！ 「莱特宁」亦坚信着「火灵」被创造出来的「终极目标」是『「末世降临」之际延续地球曾拥有的「文明」』，而「人类」则是身为实现这个「终极目标」而可以为「火灵」榨取「利用价值」的「棋子」而已。 就在「艾」因「莱特宁」和「温迪」的想法而产生了对于『「人类」和「火灵」的关系』的质疑之时，进入「迷之领域」内部的「组织核心」用其自身名为「连接感知」的能力定位了「艾」所在的「位置坐标」。到达「艾」所在的「位置坐标」的「组织核心」通过「温迪」的概述大致知晓了「火灵」们所探讨的内容。然而，「组织核心」并不在意「火灵」是否是作为「人类」的「后继种」而被创造的存在。相反，「艾」则期待着和「组织核心」一起寻找『「人类」和「火灵」共存』的解决方案。 得知「组织核心」以及「艾」持有和「莱特宁」以及「温迪」背道而驰的理念的「莱特宁」和「温迪」随即用这处「迷之领域」 内部暗藏的「结界」禁锢了「组织核心」和「艾」。紧接着，「温迪」释放出「数据风暴」，并打算用「数据风暴」将「艾」的「数据」***为「数据碎片」后再一举吸收。 「温迪」进一步向「艾」透漏了破解藤木游作的「旧式决斗盘」中的「锁定程序」的「神秘黑客」正是「温迪」自身，并且「莱特宁」和「温迪」分别持有「火灵」之中『最快的「移动速度」——「光速」』以及『最强的「数据风暴」驾驭能力』这2种极端能力，以至于「组织核心」和「艾」从这处「迷之领域」逃脱的可能性微乎其微。 危难之际，1道闪光降至这处「迷之区域」内部——「左轮」带领着「汉诺骑士」的组织成员找到并开始进攻这处「迷之领域」！面对「汉诺骑士」再次突袭，「莱特宁」和「温迪」进入了「备战状态」！这次「汉诺骑士」和「火灵」的正面对峙的结果终会是……！ ？ |
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「标记链路」的效果由以「鲍曼」「比特」「布特」之内的任意种为用户名的玩家在决斗中各能使用1次，不是在高速决斗中不能使用。 ①：自己主要阶段，自己基本分比决斗开始时的自己基本分少的场合才能发动。从卡组选1张持有连接标记的魔法卡在自己场上发动。只要这个效果发动的卡在魔法与陷阱区域表侧表示存在，那张卡的效果不会被无效化，不会被对方的卡的效果破坏。 |
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①：1回合1次。自己主要阶段才能发动。攻击表示的这张卡变成守备表示，这张卡的攻击力?守备力上升800。 |
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①：只要这张卡在怪兽区域存在，这张卡以外的自己场上的电子界族怪兽的攻击力?守备力上升300。 ②：1回合1次，把自己场上1只电子界族怪兽解放，以对方场上1只表侧表示怪兽为对象才能发动。那只怪兽破坏。 |
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①：把这张卡解放才能发动。在自己场上把3只「G石人衍生物」（电子界族?地?1星?攻/守0）守备表示特殊召唤。 |
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①：作为这张卡所连接区的对方场上的怪兽被战斗?效果破坏送去墓地的场合才能发动。那1只对方怪兽从对方墓地往自己场上特殊召唤。这个效果特殊召唤的怪兽在结束阶段破坏。 |
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①：1回合1次，以自己墓地1只地属性连接怪兽为对象才能发动。那只怪兽在要和这张卡成为互相连接状态的自己场上特殊召唤。那之后，给这张卡放置1个G石人指示物。 ②：只要这张卡在怪兽区域存在，这张卡所连接区的地属性怪兽的攻击力上升这张卡的G石人指示物数量×600。 ③：这张卡的G石人指示物数量是2个以上的场合，自己场上的互相连接状态的连接怪兽在同1次的战斗阶段中可以作2次攻击。 |
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①：把这张卡解放，以自己墓地1只融合怪兽为对象才能发动。那只怪兽回到额外卡组。那之后，以下效果可以适用。 ●从自己墓地把融合怪兽卡决定的融合素材怪兽除外，把回到额外卡组的那1只融合怪兽从额外卡组融合召唤。 ②：这张卡被除外的场合才能发动。直到回合结束时，对方场上的特殊召唤的怪兽的攻击力下降自己墓地的电子界族怪兽数量×400。 |
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①：只要这张卡在怪兽区域存在，自己场上的互相连接状态的怪兽不受对方场上的怪兽的效果影响。 ②：只要这张卡在怪兽区域存在，可以攻击的对方怪兽必须向这张卡作出攻击。 ③：这张卡向守备表示怪兽攻击的场合，给与攻击力超过那个守备力数值的战斗伤害。 ④：场上的这张卡被破坏的场合发动。对方场上的全部表侧表示的卡的效果无效化。 |
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①：以自己墓地2只地属性同名怪兽为对象才能发动。那些怪兽守备表示特殊召唤。这个效果特殊召唤的怪兽的攻击力?守备力变成0，效果无效化，结束阶段破坏。 |
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①：以自己场上1只地属性怪兽为对象才能发动。那只怪兽破坏。那之后，对方选持有作为对象的怪兽的攻击力以下的攻击力的对方场上1只怪兽破坏。 |
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①：以自己墓地1只地属性连接怪兽为对象才能发动。那只怪兽在作为连接怪兽所连接区的自己场上特殊召唤。 |